Lösungsweg 1:

Normales 3 spaltiges Theme nach eigenen Wünschen 2 mal anpassen und dabei die rechte, oder linke Sidebar bei einem Theme so weit vergrößern bis 2 Spalten passen. Danach unter Panels, Mini Panels ein neues 2 spaltiges Mini Panels hinzufügen und dieses mit Inhalt füllen. Ich habe dieses genommen, weil man hier sehr schön mit runden Ecken arbeiten kann, ohne das man sich darüber selbst via CSS Gedanken machen muss um es schön aussehen zu lassen. Danach unter Strukturierung/Blöcke/das jeweilige Theme auswählen mit den 4 Spalten und das frisch erstellte Mini Panel in der breiteren Sidebar hinzufügen. Unter Strukturierung/Bereiche kann man dann noch die jeweiligen Themes auswählen und denen verschiedene Unterseiten zuweisen.

Zugegeben: Es ist keine saubere Lösung, aber es funktioniert und einen Geschwindigkeitsverlust habe ich auch nicht bemerkt. Ich nutze allerdings auch das Modul Boost zum Cachen.

Lösungsweg 2:

Hierzu wird zusätzlich das Modul Views benötigt. Mit ein wenig Einarbeitung kann man hier wunderbar Views mit erstellten Panels verbinden und somit verschiedenen Seiten eine andere Ansicht gönnen. (diesen Lösungsweg hatte ich leider zu spät entdeckt. Ich werde dies aber bei Gelegenheit noch komplett so umändern.)

Wie das mit Drupal 6 funktioniert, weiß ich leider nicht, aber bei dem Projekt Prosepoint ist das sehr gut gelöst. Wer da keine Einarbeitungszeit reinstecken möchte, kann sich das Projekt ja mal anschauen. Das ganze basiert auf Drupal 6 und sieht recht sauber aus(Demo). Für mich kam Drupal 6 nicht in Frage, da es hier leider nicht alle Module gibt, welche ich benötige und das Modul Panels nicht funktionierte.